Los órganos de la FEMPEX son: La Asamblea General y la Comisión Ejecutiva.
La Asamblea General es el órgano soberano de la Federación de Municipios y Provincias de Extremadura, la cual estará integrada por todos los socios titulares.
La Comisión Ejecutiva está integrada por:
La FEMPEX cuenta con un amplio nivel de representatividad en la Comunidad Autónoma de Extremadura, estando presente en todos los foros en los que se discuten cuestiones de interés municipal. En su seno están constituidas diferentes Comisiones de Trabajo, encargadas de la elaboración de estudios y formulación de propuesta sobre cuestiones directamente relacionadas con los fines de la Federación. Cada Comisión de Trabajo está presidida por un miembro de la Comisión Ejecutiva.
Don Francisco Buenavista García. PSOE. Alcalde de Hornachos (Badajoz).
Primero: Don José Manuel García Ballestero. PP. Alcalde de Coria. (Cáceres).
Segunda: Doña Cristina Rodríguez Montero. PSOE. Alcaldesa de Gata. (Cáceres).
Tercero: Don Manuel Lavado Barroso. PP. Alcalde de Los Santos de Maimona. (Badajoz).
Cuarta: Doña Ana Valls Muñoz. PSOE. Alcaldesa de Cabeza del Buey. (Badajoz).